L'area naturale protetta di Badia a Passignano comprende il corso iniziale del torrente Rimaggio ed il lago di Badia: due ambienti acquatici diversi per origine ed ecologia.
Le acque del Rimaggio scorrono in mezzo ai boschi ed hanno una portata modesta ma abbastanza costante nell'anno. In questo tratto collinare la produzione primaria è molto scarsa e l'ecosistema del torrente dipende dall'apporto di sostanza organica dall'interno (foglie, rametti). Tra gli alberi è tipica la presenza dell'Ontano nero (Alnus glutinosa), con i frutti legnosi che sembrano piccole pine. Le radici dell'Ontano, compenetrandosi nelle rive, formano cavità e anfratti che permettono rifugio e riparo dalla corrente ai pesci e agli anfibi.
Anche se non appare evidente a prima vista, le acque del torrente ospitano molte specie di insetti, adattati a vivere nella corrente. Sotto i ciottoli e nei sedimenti si trovano le larve degli Efemerotteri e dei Tricotteri, che allo stadio adulto somigliano a smorte farfalline e si trovano sulla vegetazione delle sponde.
Berretta del prete (Euonymus europaeus): Si tratta di una pianta “angiosperma” ( = seme rivestito dal frutto), ovvero che si riproduce tramite fiore generando successivamente il frutto. Diffusa in molti ambienti dell’Europa, è un arbusto che può arrivare fino a 8 metri di altezza. I piccoli e graziosi fiori bianchi primaverili danno luogo in autunno ai tipici frutti rossi che hanno una forma simile a quella del cappello dei sacerdoti. La pianta risulta velenosa, e infatti la corteccia, le foglie, ma soprattutto i semi contengono sostanze che se ingerite provocano diarrea e convulsioni fino a risultare mortali.
Giglio di San Giovanni (Lilium bulbiferum croceum): La fioritura di questo bellissimo giglio avviene tra maggio e luglio, con una frequenza maggiore nella seconda metà di giugno: da questo il nome comune della specie (San Giovanni è il 24 giugno). I fiori, da uno a sei, costituiscono una struttura compatta e rivolta verso l’alto. I petali, in numero di sei, sono ellittici e di colore giallo-arancio con punti scuri in rilievo, su steli che possono superare il metro di altezza. Cresce soprattutto nei prati-pascolo, nelle radure e ai margini dei boschi prevalentemente in ambienti appenninici e subalpini dai 500 fino ai 1800 m di quota. La sua presenza nelle colline del Chianti è quindi testimone di un passato climatico-ambientale diverso dall’attuale. La specie, insieme ad altre, rende quindi l’area di Badia a Passignano di particolare interesse sotto il profilo della diversità biologica.
Tricotteri: I pescatori chiamano "bachi muratori" le larve di questi insetti: infatti la loro caratteristica principale – seppur non presente in tutte le specie – è quella di costruire un astuccio di sassolini o fibre vegetali, nel quale l'animale trova rifugio dalla corrente e dai predatori. Le diverse famiglie si possono riconoscere dalla forma e dalla composizione di questa 'casetta': nella foto alcuni Glossosomatidi, presenti ad inizio primavera, con astuccio formato da quattro sassolini disposti come i lati di una tenda.
Rospo comune (Bufo bufo): E' una specie terrestre comune nelle zone più umide dei boschi, dei campi e dei giardini. Già dalla fine dell'inverno gli adulti si spostano in massa verso torrenti, laghetti e anche piccole vasche da irrigazione, dove hanno luogo l'accoppiamento e la deposizione delle uova. Nel lago di Badia si riproduce una numerosa popolazione: nella foto il momento dell'uscita dall'acqua dei giovani che hanno appena terminato la metamorfosi dalla fase di girino. Un altro anfibio, presente lungo il Rimaggio, è la Rana appenninica (Rana italica), specie più legata alle acque correnti.
Vairone (Telestes muticellus): Questo piccolo pesce è conosciuto localmente con il nome di "sarcolo", e veniva pescato per la frittura. La caratteristica più evidente è la banda nera lungo i fianchi. E' una specie sensibile all'inquinamento e preferisce le acque correnti, anche di piccoli torrenti e borri, purche' fresche e ben ossigenate. Forma gruppi numerosi e si nutre di invertebrati e di alghe, mentre viene predato dalla trota. E' presente in particolare nel tratto inferiore del Rimaggio, prima della confluenza in Pesa.
Tabacco di Spagna (Argynnis paphia): Anche se non è legata alle zone umide, questa bella e grande farfalla si può osservare da giugno e agosto lungo la strada e sui rovi al confine con il bosco. A fine estate la femmina depone le uova alla base dei tronchi e alla schiusa i bruchi si spostano sulle piante ospiti, in particolare le viole ma anche biancospini e pruni.
